تتحدث الرواية في مضمونها العام عن بحث المخلوق عن حقيقة ذاته وما يناسبه. تبدأ بهروب الفأر «لؤلؤ» من معمل الدكتور «محمد»؛ باحثًا عن ذاته. يهرب إلى الشارع، ويمر بصعاب، ويفاجأ بأشياء لم يكن يتوقعها. ثم يعود مرة أخرى إلى المعمل، فيكرمه الدكتور ويزوجه الفأرة «زمردة»، وينجبان فأرًا جميلًا مغرورًا اسمه «مرجان»، الذي تموت أمه أمام عينيه بمرض لعين، فيحزن عليها، ويكره كل ما في المعمل. ويزاد كرهه بعد موت أبيه فيقرر الانتقام، ويتسبب في حريق شنيع داخل المعمل، ويهرب باحثًا عن مصيره فيلاقي مصاعب ومشكلات أخرى عصيبة. يلاحقه الناس والقطط فيهرب إلى سيرك، فيشاهد ضمن عروضه عرض الفيل «فلفل» والقرد «قمر» والفرس «أشهب» والشاب «عمار».
وينضم الفأر «مرجان» إليهم في عروض السيرك وهو سعيد فرِح، حتى يصطدم بصخرة شديدة وهي قرار تلك الحيوانات بمساعدة صديقها «عمار» في الهروب من السيرك؛ لإنشاء مجتمع جديد. فيهرب معهم إلى المكان الذي اختاره «عمار» لإنشاء ذلك المجتمع الذي سموه «مجتمع العلم الأخضر».